De acuerdo con el Código de Comercio, los libros, correspondencia, documentación y justificantes concernientes a la empresa deben conservarse, durante 6 años, a partir del último asiento realizado en los mismos.

Esta obligación se extiende tanto a los libros obligatorios (diario, inventario y cuentas anuales y en su caso, libro de actas, registro de acciones nominativas y de socios), así como a los libros no obligatorios (por ejemplo, el mayor.), además de la documentación y justificantes en que se soporten las anotaciones registradas en los libros (facturas emitidas y recibidas, tickets, facturas rectificativas, documentos bancarios, etc.).

Los documentos notariales, así como las variaciones censales, las actas de inspección o los libros de visitas, deberán conservarse durante toda la vida del negocio.

Dos supuestos especiales:

1.- En el caso de cese de la actividad por el empresario individual, la obligación de conservación de los libros, documentación y justificantes contables persiste en el plazo indicado de 6 años. En caso de fallecimiento del empresario, dicha obligación recae sobre los herederos.

2.- En el caso de disolución de la sociedad mercantil, la responsabilidad recae sobre los liquidadores, al menos durante el periodo de liquidación. Una vez liquidada y extinguida la sociedad, la norma prevé el depósito de los libros de comercio, la correspondencia, la documentación y los justificantes en el Registro Mercantil (si así se indica en la escritura), en caso contrario serán los liquidadores los que asumirán el deber de conservación de dichos libros y documentos durante el plazo de 6 años a contar desde la fecha del asiento de cancelación de la sociedad.

A efectos fiscales, los libros de contabilidad y otros libros registros obligatorios, así como los soportes documentales que justifiquen las anotaciones registradas en los libros (incluidos los programas y archivos informáticos y cualquier otro justificante que tenga trascendencia fiscal), deben conservarse, al menos, durante el periodo en que la Administración tiene derecho a comprobar e investigar y en consecuencia, a liquidar deuda tributaria.  En este sentido cabe recordar que el plazo de prescripción tributaria es de 4 años empezándose a contar desde el día en que finalice el plazo voluntario de presentación de la correspondiente declaración o autoliquidación que se esté analizando. Todo ello, salvo que se produzca algún supuesto de interrupción del periodo de prescripción, en cuyo caso, comenzaría un nuevo periodo de prescripción, pudiéndose superar el plazo de 6 años de conservación previsto en el Código de Comercio.

Ante esta regla general, se pueden dar dos supuestos especiales:

1º.- Se declaran bases imponibles negativas en el Impuesto sobre Sociedades (IS): ya que se dispone del plazo de 15 a 18 años siguientes a la generación de las mismas para su compensación, en este caso, la sociedad debe conservar todos los justificantes contables y documentales (así como la declaración del IS del ejercicio en que se generó la base imponible negativa); durante el plazo que medie desde que se genera la base negativa hasta que ésta sea compensada en su totalidad, más los 4 años de prescripción del ejercicio en el que se compensa dicha base imponible negativa.

2º.- Hay facturas de inmovilizado: en este caso, dichas facturas deben conservarse durante todos los ejercicios en los que genere gasto de amortización, más los 4 años de prescripción del ejercicio en el que se termina de amortizar dicho elemento de inmovilizado.